L’histoire de l’alternative qui n’était pas

Le 7 janvier, le virologue Leondios Kostrikis a annoncé à la télévision locale que son groupe de recherche à l’Université de Chypre à Nicosie avait identifié plusieurs génomes du SARS-CoV-2 qui incluent des éléments des variantes delta et omicron.

Surnommé « Deltacron », Kostrikis et son équipe ont téléchargé 25 des séquences sur le référentiel public populaire GISAID ce soir-là, et 27 autres séquences quelques jours plus tard. Le 8 janvier, le média Bloomberg Financial News Histoire repriseet Deltacron sont devenus des nouvelles internationales.

La réponse de la communauté scientifique a été rapide. Plusieurs spécialistes ont annoncé sur les réseaux sociaux et la presse que la séquence 52 n’indiquait pas une nouvelle variante, et n’était pas le résultat d’une recombinaison – le partage génétique d’informations – entre virus, mais pouvait plutôt résulter d’une contamination en laboratoire.

« Il n’y a pas de #Deltacron », Krutika Kubali a tweeté, membre de l’équipe technique COVID-19 de l’Organisation mondiale de la santé basée à l’Université médicale de Caroline du Sud à Charleston, le 28 janvier 2019. « #Omicron et #Delta n’ont pas fait une bonne variante. »

Propagation de fausses informations

L’histoire derrière la façon dont une petite récolte de séquences du SRAS-CoV-2 a fait l’objet d’un débat scientifique court et intense est complexe. Et tandis que certains chercheurs louent le système pour avoir rapidement repéré une erreur en série potentielle, d’autres avertissent que les événements de la semaine dernière peuvent fournir un récit édifiant sur la propagation de la désinformation pendant la pandémie.

Kostrikis dit que certains aspects de son hypothèse originale ont été mal compris et que – malgré le nom déroutant que certains médias ont pris pour signifier que les séquences étaient le virus delta-omicron recombinant – il n’a jamais dit que les séquences représentaient un mélange des deux.

Cependant, 72 heures après que les chercheurs ont téléchargé les séquences, Kostrikis les a retirées de la vue du public sur la base de données, en attendant une enquête plus approfondie.

Plus de 7 millions de génomes du SRAS-CoV-2 ont été téléchargés au bureau du GISAID à Washington, DC, déclare Sheryl Bennett, responsable du bureau de la Fondation GISAID à Washington, DC. GISAID Base de données depuis janvier 2020, certaines erreurs de sérialisation ne devraient pas surprendre.

« Cependant, se précipiter pour tirer des conclusions sur les données qui viennent d’être fournies par des laboratoires qui se trouvent sous une grande pression de temps pour générer des données en temps opportun n’aide aucune épidémie », dit-elle.

Erreur de séquence ?

La séquence « Deltacron » a été générée à partir d’échantillons de virus que Kostrikis et son équipe ont obtenus en décembre dans le cadre d’un effort pour suivre la propagation des variantes du SRAS-CoV-2 à Chypre. En examinant certaines de leurs séquences, les chercheurs ont remarqué une signature génétique de type omicron dans le gène de la protéine de pointe, qui aide le virus à pénétrer dans les cellules.

Dans une lettre à tempérer la nature, Kostrikis explique que son hypothèse initiale était que certaines particules de virus delta avaient indépendamment développé des mutations du gène de pointe similaires à celles courantes dans Omicron. Mais après une large couverture médiatique, d’autres scientifiques travaillant sur le séquençage génétique et le COVID-19 ont souligné une autre possibilité : une erreur de laboratoire.

Le séquençage de tout génome est basé sur des amorces – de courts segments d’ADN manufacturé qui servent de point de départ pour le séquençage en se liant à la séquence cible.

Cependant, delta a une mutation dans le gène épineux qui réduit la capacité de certaines amorces à s’y lier, rendant cette région du génome difficile à séquencer. Omicron ne partage pas cette mutation, donc si des particules d’Omicron sont mélangées dans l’échantillon en raison d’une contamination, le gène séquencé pourrait donner au pic un aspect similaire à celui d’Omicron, explique Jeremy Kamil, virologue à la Louisiana State University Health Shreveport. .

Ce type de contamination est « très courant », précise Kamel.

Kostrikis rétorque que si Deltacron est un produit de contamination, le séquençage devrait aboutir à une séquence Omicron avec des mutations de type delta, car Omicron a une mutation perturbant l’amorce. Il ajoute que l’argument de la contamination du laboratoire Deltacron a été « présenté par les médias sociaux sans consulter nos données complètes et sans fournir de preuves solides que ce n’est pas réel ».

Démystifier le désastre

Cependant, d’autres chercheurs ont également souligné que même si les séquences ne sont pas le résultat d’une contamination, les mutations identifiées par Kostrikis ne sont pas exclusives à Omicron et se retrouvent dans d’autres variantes, faisant de la désignation « Deltacron » un abus de langage.

Thomas Peacock, virologue à l’Imperial College de Londres, affirme que le GISAID regorge de séquences contenant des éléments de séquence observés dans d’autres variantes. Il dit que de telles séquences sont « chargées tout le temps ». « Mais, en général, les gens n’ont pas à se démystifier car il n’y a pas beaucoup de presse internationale partout. »

« Les scientifiques doivent faire très attention à ce qu’ils disent », a déclaré un virologue, qui a souhaité rester anonyme pour éviter d’être mêlé à la polémique. tempérer la nature. « Quand on dit quelque chose, les frontières peuvent être fermées. »

Kostrikis dit maintenant qu’il est « en train d’enquêter sur toutes les opinions critiques exprimées par d’éminents universitaires du monde entier sur ma dernière annonce ». Il dit qu’il prévoit de soumettre la recherche à un examen par les pairs.

Pendant ce temps, Kamel et d’autres chercheurs craignent que de tels incidents ne rendent les chercheurs plus réticents à partager des données sensibles au facteur temps. « Il faut permettre à la communauté scientifique de se corriger », dit-il. « Et dans le cas d’une pandémie, vous devez faciliter le partage rapide des données du génome viral, car c’est ainsi que nous trouvons des variantes. »