Le suivi des variantes de virus aux États-Unis s’améliore après un démarrage lent

Après un démarrage lent, les États-Unis ont amélioré leur système de surveillance pour suivre les nouvelles variantes de coronavirus telles que Omicron, augmentant sa capacité avec des dizaines de milliers d’échantillons par semaine depuis le début de cette année.

Les virus évoluent constamment. Pour trouver et suivre les nouvelles versions du coronavirus, les scientifiques analysent la constitution génétique d’une partie des échantillons testés positifs.

Ils recherchent les lettres chimiques du code génétique du virus pour trouver de nouvelles variantes inquiétantes, telles que l’omicron, et suivre la propagation de variantes connues, telles que le delta.

C’est un effort mondial, mais jusqu’à récemment, les États-Unis ont très peu contribué. Avec des tests non coordonnés et dispersés, les États-Unis ont organisé la séquence Moins de 1% des échantillons ont été testés positifs plus tôt cette année. Maintenant, ces tests sont effectués sur 5 à 10 % des échantillons. Ceci est plus conforme à la séquence d’autres pays et Partagé avec les traqueurs mondiaux de maladies tout au long de l’épidémie.

« La surveillance génomique est puissante », a déclaré Kelly Wroblosky, directeur des maladies infectieuses pour l’Association des laboratoires de santé publique.

Environ 70 laboratoires de santé publique d’État et locaux contribuent à cet effort, qui organisent 15 000 à 20 000 échantillons chaque semaine. D’autres laboratoires, y compris ceux exploités par les Centers for Disease Control and Prevention et leurs sous-traitants, portent le total à 40 000 à 80 000 par semaine.

Il y a neuf mois, environ 12 000 échantillons étaient ainsi analysés chaque semaine.

« Nous sommes dans une bien meilleure position qu’il y a un an ou même six ou neuf mois », a déclaré Kenny Beckman de l’Université du Minnesota, qui attribue la distribution de dollars fédéraux aux laboratoires publics et privés. Il dirige le laboratoire de génomique de l’université, qui organise maintenant environ 1 000 échantillons par semaine provenant d’États tels que le Minnesota, l’Arkansas et le Dakota du Sud. Il y a un an, le labo n’avait pas fait de séquence.

S’appuyant sur 1,7 milliard de dollars du projet de loi de secours contre les coronavirus du président Joe Biden, les États-Unis s’efforcent de créer un réseau national pour mieux suivre les pics de coronavirus.

Cependant, le Dr William Moss de la Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health a déclaré qu’environ deux douzaines de pays se classent pour une plus grande proportion d’échantillons positifs que les États-Unis. L’émergence d’Omicron pourrait « inciter les États-Unis à faire mieux ».

« Je pense que nous avons encore un long chemin à parcourir », a déclaré Moss.

quelques pays est sérialisé Le Dr Phil Vibo, médecin-chef d’Illumina, une société basée à San Diego qui développe des technologies de séquençage génétique, a noté que seulement environ 1% des échantillons alors que d’autres sont dans la plage de 20%.

« Nous pouvons être plus systématiques à ce sujet et plus cohérents, nous veillons donc à ce qu’il n’y ait pas de déserts de surveillance génétique où nous pourrions manquer l’émergence d’une variante », a déclaré Vibo.

Avec l’aide des efforts de surveillance, les tests PCR standard utilisant des écouvillons nasaux envoyés aux laboratoires peuvent détecter un signe indiquant qu’une personne peut avoir une variante d’omicron. Si le test PCR est positif pour seulement deux des trois gènes cibles – le résultat du test dit de fuite S – c’est un signe de l’omicron avant même l’étape supplémentaire de séquençage génétique pour le prouver.

C’est une chance », a déclaré Trevor Bedford, biologiste et généticien au Fred Hutchinson Cancer Research Center. « Si vous devez sérialiser la sélection de variables, ce sera toujours un peu tard et sera plus cher. Si vous vous fiez uniquement à ce S-dropout comme sélection, ce sera plus facile. « 

Il a déclaré que d’autres variables ont également provoqué ce biais dans les résultats des tests PCR, mais pas la variable delta. Avec Delta dominant les États-Unis en ce moment, a déclaré Bedford, le décrochage S sera remarqué. (Bedford reçoit un financement du Howard Hughes Medical Institute, qui soutient également le département de la santé et des sciences de l’Associated Press.)

Le Dr Anthony Fauci, le plus grand expert du pays en matière de maladies infectieuses, a déclaré qu’il n’y avait « aucun moyen » qu’O’Micron puisse se rendre aux États-Unis.

Plusieurs experts ont déclaré qu’il était probablement déjà là et qu’il serait bientôt détecté par le système de surveillance. Mais la question est quoi ensuite?

« Nous n’avons pas le genre de restrictions de voyage entre les États qui permettraient de contenir le virus n’importe où », a noté David O’Connor, chercheur sur le sida à l’Université du Wisconsin.

Au lieu de cela, la surveillance génétique indiquera aux autorités si l’omicron se propage à une vitesse inhabituelle dans un endroit et si davantage de ressources doivent être envoyées à ces endroits, a-t-il déclaré.

Lorsqu’Omicron fera surface, les autorités de santé publique devront tenir compte d’autres variables dans les efforts de triage, telles que le niveau d’infection déjà présent dans cette communauté et le taux de vaccination. De graves épidémies dans des zones fortement fortifiées seraient particulièrement préoccupantes.

Cependant, Beckman de l’Université du Minnesota voit peu d’avantages à condenser la séquence de manière significative.

« Je n’ai pas besoin de séquencer plus de quelques pour cent des cas positifs pour avoir une idée de la vitesse à laquelle ils grandissent », a-t-il déclaré.

Contrairement à certains autres pays, les responsables du gouvernement américain n’ont pas exercé le pouvoir d’obliger les gens à se mettre en quarantaine s’ils sont testés positifs pour des variantes inquiétantes. Compte tenu de cela, le séquençage est avant tout un outil de surveillance pour suivre la propagation des mutations.

« Je pense qu’il est important de suivre les variables, mais je ne pense pas qu’il soit pratique de penser que nous pourrons séquencer rapidement et à une échelle suffisamment grande pour arrêter une variable dans son élan », a déclaré Beckman.

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Les rédacteurs d’Associated Press Laurent Niergaard, Matthew Perrone et Ricardo Alonso Zaldivar ont contribué.

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Le département de la santé et des sciences de l’Associated Press reçoit le soutien de la division de l’enseignement des sciences du Howard Hughes Medical Institute. AP est seul responsable de tout le contenu.