Décoder : à quel point les variantes de Covid sont-elles dangereuses ?

Une équipe de chercheurs russes a révélé les mécanismes à l’origine de l’émergence de nouvelles variantes dangereuses du virus Corona, telles que Alpha, Delta, Omicron et autres.

L’équipe, dirigée par des membres de la National Research University Higher School of Economics (HSE), a découvert que la probabilité d’une substitution survenant sur un site particulier du génome du SRAS-CoV-2 dépend des substitutions compatibles survenant sur d’autres sites.

Cela explique pourquoi de nouvelles variantes plus infectieuses du virus sont apparues de manière inattendue et diffèrent considérablement de celles précédemment diffusées, écrivent-ils dans l’article publié dans la revue eLife.

Tous les virus changent avec le temps, y compris le virus SARS-CoV-2 responsable de la pandémie de coronavirus. Plus le virus circule longtemps dans une population et plus il y a d’individus infectés, plus il accumule de changements (mutations). Habituellement, les nouvelles souches du virus sont similaires à leurs souches parentales.

Cependant, dans certains cas, les mutations peuvent conduire à des variants mieux adaptés à l’environnement et présentant un risque plus important pour la santé humaine. Ces variantes ont tendance à se propager plus rapidement, peuvent ne pas répondre aux vaccins ou aux traitements actuels et peuvent être plus difficiles à diagnostiquer.

« L’évolution d’un virus au sein d’une communauté peut être comparée à un voyage à travers un vaste terrain avec des vallées, des gorges et des collines. Le virus erre au hasard à travers ce paysage, meurt rapidement s’il est pris dans une cavité et vit plus longtemps dans les vallées, », a déclaré Alexei Neverov, du Laboratoire international de génomique statistique du HSE. Et le comptable :

Pour l’étude, l’équipe a analysé plus de trois millions de séquences génomiques de différentes souches de SARS-CoV-2. Ils ont identifié des emplacements spécifiques sur la surface protéique du coronavirus où des substitutions d’acides aminés se sont produites, distinguant les variantes à la fois de la souche originale de Wuhan et les unes des autres.

Beaucoup de ces sites semblent évoluer de manière concordante, de sorte que les changements d’acides aminés sur un site sont rapidement suivis de changements sur un autre. Toutes les variantes actives et virulentes du virus se distinguaient des variantes précédemment dominantes par des schémas de substitutions multiples.

« Les personnes atteintes de COVID-19 à long terme peuvent avoir une accumulation de variantes qui ne sont pas bien adaptées à la survie dans la population générale. Cependant, avec le temps, ces variantes peuvent évoluer vers des formes plus fortes qui ont le potentiel de se propager largement et d’envahir ». Monde Neverov a expliqué.

L’équipe propose une explication pour laquelle les variantes intermédiaires qui diffèrent du virus d’origine par seulement une ou deux substitutions n’émergent pas. Il est possible que ces variantes « faibles » ne deviennent « fortes » que lorsque vous combinez le modèle complet de substitutions individuellement nuisibles. En conséquence, selon les chercheurs, il est difficile de prédire l’émergence d’une nouvelle souche hautement adaptative.

La méthode statistique utilisée par les auteurs de l’étude est polyvalente et peut être utilisée pour étudier l’évolution de nombreux autres agents pathogènes. En particulier, cette approche a été appliquée avec succès pour étudier le développement de la grippe et de la tuberculose.