juillet 5, 2022

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Comment la prochaine variante de coronavirus pourrait-elle apparaître

Avec Omicron, ces réponses restent encore un mystère : comment une variante qui semblait si différente de tous ses cousins ​​​​plus âgés a-t-elle soudainement émergé ? Comment expliquez-vous son mélange de mutations, dont beaucoup sont rarement observées dans les variantes d’intérêt ?

« Lorsque cette séquence virale a commencé à sortir, il m’était vraiment difficile de comprendre qu’elle allait décoller », a déclaré Mehul Suthar, virologue à l’Université Emory.

Les virus changent tout le temps, souvent de manière à nuire à leurs chances de survie. Mais parfois, ces mutations peuvent jouer en faveur du virus.

Attraper ma dérive?

Le virus que vous éternuez ou toussez peut être légèrement différent du virus que vous avez.

En effet, les virus mutent – en particulier lorsque leur code génétique est constitué d’ARN, un proche parent de notre ADN.

« Au fur et à mesure que le virus se reproduit, il y a des erreurs dans la reproduction de son code », a expliqué le Dr Mike Ryan, directeur exécutif du programme des urgences sanitaires de l’OMS, lors d’un briefing en mars. « La plupart de ces erreurs se traduisent par un virus qui est soit incompétent, soit simplement mort. »

Mais rarement, ces incidents peuvent donner un avantage au virus. Il peut devenir plus contagieux. Ou peut-être qu’il s’améliore pour échapper à notre immunité.

Sarah Kobe, professeure associée d’écologie et d’évolution à l’Université de Chicago, Expliqué dans un éditorial Dans le New York Times cette semaine, la transmissibilité du coronavirus atteindra un plafond – éventuellement. Cependant, il n’arrêtera probablement pas de se développer d’une manière qui échappe à notre réponse immunitaire.

Mais toutes les mutations ne se produisent pas de la même manière.

« Avant de mettre en œuvre Omicron, je pense que la plupart des gens sur le terrain diraient que nous verrions une fuite immunitaire en accumulant ces mutations une par une », a déclaré Kobe à CNN.

Au fil du temps et au fil de centaines d’infections, les virus en circulation s’éloignent de plus en plus de leurs ancêtres sur l’arbre évolutif. C’est un processus connu sous le nom de dérive antigénique.

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Cependant, bien que cela puisse expliquer des variantes qui apparaissent plus proches sur l’arbre évolutif – comme Omicron et sa branche BA.2 – cela n’explique pas comment Omicron est apparu en premier lieu.

« Omicron a surpris tout le monde », a déclaré Kobe.

Maritje Venter, professeur au département de virologie médicale de l’Université de Pretoria en Afrique du Sud, a déclaré qu’il était peu probable qu’un « changement lent » conduise à l’utilisation d’Omicron.

Cela signifie que le virus s’est développé progressivement dans une population qui n’était pas surveillée. Elle a déclaré que l’Afrique du Sud, où bon nombre des premiers spécimens d’Omicron ont été identifiés, dispose d’un bon programme de surveillance.

Ainsi, il était difficile pour une variable comme Omicron de se faufiler lentement. Au lieu de cela, son apparence semblait étrangement surprenante.

« Delta a presque disparu, et tout d’un coup, nous avons vu un Omicron complètement différent », a déclaré Venter.

changement de vitesse

Dans certains cas, les virus ne dérivent pas ; ils tournent.

Un « changement antigénique » est un changement plus radical qui peut se produire, par exemple, lorsque des virus chez les animaux se retrouvent chez l’homme ou lorsque deux souches infectent la même personne et échangent des gènes.

Des exemples de ces derniers incluent de rares cas d’un virus hybride contenant des segments de gènes delta et omicron.

Des chercheurs d’Helix, la société qui a aidé les tests Covid-19 à suivre un certain nombre de variables, Identifié un groupe d’infections combinées Delta-Omicron Aux États-Unis, il y avait près de 30 000 échantillons de coronavirus de fin novembre à mi-février, lorsque les deux variantes circulaient.
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Parmi ces échantillons, les chercheurs ont identifié 20 cas dans lesquels les gens avaient les deux variantes en même temps. L’un de ces échantillons a montré des preuves que des variants avaient échangé des gènes, bien qu’à de faibles niveaux. De plus, les chercheurs ont trouvé deux cas non liés où l’infection provenait de virus hybrides.

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« Il n’y a actuellement aucune preuve que les deux virus delta-omicron recombinants identifiés soient plus transmissibles entre hôtes que les lignées omicron communes », ont écrit les chercheurs.

« Nous n’appelons pas cela Deltacron », a déclaré Maria Van Kerkhove, responsable technique de l’OMS sur Covid-19, lors d’un briefing en mars. « Ce ne sont pas les termes que nous utilisons. »

À l’époque, Van Kerkhove a déclaré que la combinaison semblait se propager « à des niveaux très bas », mais a averti que nous devrions tester davantage pour obtenir une image plus claire de sa prévalence et de sa prévalence – ou de son absence.

Cependant, la capacité d’échanger des gènes a conduit à la réémergence de plusieurs virus, principalement la grippe.

Le matériel génétique de la grippe est composé de plusieurs morceaux d’ARN qui peuvent aller et venir lorsque deux virus infectent la même cellule. C’est ce qu’on appelle le remontage.

Kobe a expliqué que le coronavirus « peut en fait faire quelque chose qui nous est difficile à comprendre », faisant référence à un processus d’échange de gènes appelé recombinaison.

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Contrairement à la grippe, le coronavirus a un long brin d’ARN comme son code génétique. Lorsque deux souches infectent la même cellule, leur machinerie de transcription peut parfois sauter d’une souche à l’autre. Cela crée des « points de rupture » aléatoires dans le code génétique qui sont regroupés.

Alors que la grippe mélange des cartes entières, dans un sens, chaque corona n’a qu’une seule carte – mais c’est une très longue carte, et elle peut être découpée et collée de différentes manières.

Cela signifie que le virus a « beaucoup plus d’espace évolutif qui peut être exploré très rapidement », a déclaré Kobe.

Dans son éditorial, elle et ses collègues décrivent comment nous n’avons peut-être vu que la pointe de l’iceberg en ce qui concerne le nombre de mutations potentielles que le virus peut tolérer et être toujours capable d’infecter les cellules humaines.

Bien qu’il ne soit pas clair si la recombinaison est plus susceptible que d’autres voies de générer la prochaine variante troublante, Kobe a déclaré qu’Omicron en particulier avait allumé un feu sous les scientifiques pour comprendre ses origines et la véritable portée des mutations viables.

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« C’est le genre de différence qui est vraiment difficile à étudier et à prédire en laboratoire », a-t-elle déclaré.

Le secret d’Omicron

Il ne semble pas y avoir une seule interprétation qui corresponde exactement au contexte d’Omicron. Mais les experts tournent autour de plusieurs théories qui pourraient expliquer son apparition soudaine l’an dernier.

L’opinion la plus courante semble inclure une infection prolongée chez une personne immunodéprimée.

« Ils développent déjà des anticorps, mais ils n’éliminent pas le virus », a déclaré Venter, qui dirige l’Organisation mondiale de la santé. Groupe consultatif scientifique sur les origines des nouveaux agents pathogènes.
Cela donne au virus beaucoup de temps accumuler les modificationsce qui pourrait potentiellement lui permettre d’échapper aux anticorps de cette personne et d’acquérir une résistance immunitaire.
Une autre théorie, a ajouté Venter, est connue sous le nom de zoonose inverse. Il s’agit d’infecter des humains avec un groupe d’animaux, car le virus accumule de nouvelles mutations avant de revenir chez les humains. (En fait, ce coronavirus a la diffusion Largement Parmi les règne animal.)

Les experts disent que garder une longueur d’avance sur le virus ne consiste pas seulement à anticiper son prochain mouvement. Il s’agit de trouver des moyens d’éviter les menaces et, en fin de compte, d’assurer la viabilité de nos vaccins.

Et il n’y a pas que ce virus.

« La plupart des agents pathogènes qui nous infectent fréquemment sont capables de le faire car ils échappent à une partie de notre immunité contre les souches infectieuses précédentes », a déclaré Kobe.

« L’évolution virale est en fait un vrai problème dans notre vie que nous ne reconnaissons peut-être pas officiellement comme tel. »